Tổ chức bộ máy của Ban Quản lý Khu kinh tế gồm:

I. Ban Lãnh đạo: gồm 04 người (01 Trưởng ban, 03 Phó Trưởng ban).

II. Các phòng  chuyên môn:

1. Văn phòng.

2. Phòng nghiệp vụ.

3. Văn phòng đại diện.

4. Trung tâm dịch vụ.

Ngày 16/3/2023 Ủy ban nhân dân tỉnh Lai Châu ban hành Quyết định số 440/QĐ-UBND về Quyết định ban hành chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, và cơ cấu tổ chức của Trung tâm Dịch vụ Khu kinh tế tỉnh Lai Châu: